Formation Bioinformatique "flash" 10-12 mai 2010

elle s'adresse à des utilisateurs "avancées", à savoir toute personne qui va utiliser les logiciels bioinformatique sur nos serveurs, et qui éventuellement souhaiterait automatiser certaines analyses par la mise en place de scripts,

c'est une formule flexible et interactive, où nous fournirons quelques rappels de base, puis les utilisateurs posent toutes les questions, arrivent éventuellement avec leurs données à analyser, leurs besoins, et nous essayons de répondre, et l'utilisateur met en pratique; le programme peut évoluer en fonction des besoins de chacun

Lieu : salle de formation 17 de la maison de la technologie, bat 16

Horaires : 9h30-12h30 / 14h-17h30

Lundi 10 mai

Intervenants : Bertrand, Stéphanie, Manuel, Pierre

Utilisation des logiciels dans l'environnement unix des serveurs, et utilisation du cluster

                    Cours + TD unix (BP)

                      Programmation shell (BP)

                      Introduction à l’utilisation des clusters (BP)

                      KoriBlast (SSB)

Mardi 11 mai

Intervenants : Manuel, Stéphanie, Xavier,  Gaetan

Rappel sur les méthodes d'analyse de séquences

               Intro SouthGreen (Manuel)

               Sniplay (Alexis)

               Phylogeny.fr (Valentin)

               GreenPhyl (Manuel)

               PAML (Stéphanie)

               EnsemBl Plants (Stéphanie)

               SNG (Stéphanie)

               Blast2Go/InterProscan (Xavier)

Mercredi 12 mai

Intervenants : Manuel, Gaetan, Xavier, Pierre

Initiation à la programmation

                Initiation à Perl (Gaetan)

                Bioperl (Gaetan)

                Programmation de blasts (Gaetan, Xavier)