Formation "Analyse bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes" - Février 2014

Lundi 10 février:

• 9h-12h : introduction, plateforme Southgreen, environnement Galaxy.

Félix Homa, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Introduction aux NGS et à la plateforme SouthGreen

Cours d'introduction à Galaxy

TD d'introduction à Galaxy

• 13h30-16h30 : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

• 16h30-17h : mise en perspective, workflows et traitement de données NGS.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Mardi 11 février:

• 9h-12h : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage (suite).

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

(Supports de la veille)

• 13h30-16h : Recherche et analyse de polymorphismes, SNP.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Application Tablet sous Java WebStart

• 16h30-17h : mise en perspective, polymorphisme et sélection.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Mercredi 12 février:

Pour ceux qui désirent se mettre en jambes 2 cours d'e-learning sont disponibles (fonctionne uniquement sous PC, ou sur Apple en utilisant Google Chrome comme navigateur Internet):

1. Genomique Annotation 
2. Comparative Genomics 

• 9h-12h : annotation des éléments transposables.

François Sabot, Stéphanie Bocs, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours et de TD

Application Artemis sous Java WebStart

Application Gepard Dotter sous Java WebStart

• 13h30-16h : annotation de gènes.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Stéphanie Bocs, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

• 16h30-17h : mise en perspective, annotation.

Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Stéphanie Bocs, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Jeudi 13 février

• 9h-12h : Prédiction de structures 3D de protéines

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Support de soutien au TD

Logiciel PyMoL

Sequence_TD5.txt

Sequence_TD5_EDIT.txt

1HLO.pdb

Tito_M062.pdb

• 13h30-16h : Analyse phylogénétique, orthologie et paralogie.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Installeur Seaview4 (visualisateur et éditeur d'alignements multiples)

Installeur Dendroscope (visualisateur et éditeur d'arbres)

• 16h30-17h : mise en perspective, génomique et protéomique comparative.

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Vendredi 14 février

• 9h-16h30 : Mise en autonomie, sur un sujet pré-établi, ou sur des données amenées par les formés

La journée sera encadrée par un roulement de l'ensemble des formateurs de la semaine.

Support pour la mise en autonomie

• 16h30-17h : Bilan final de la formation.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

• Franc-Christophe Baurens (chercheur CIRAD). 

• Stéphanie Bocs (chercheuse CIRAD).

• Frédéric de Lamotte (DR INRA). 

• Alexis Dereeper (IE IRD). 

• Gaétan Droc (chercheur CIRAD). 

• Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD), responsable pédagogique. 

• Olivier Garsmeur (chercheur CIRAD). 

• Félix Homa (ingénieur CIRAD).

• François Sabot (CR IRD). 

• Gautier Sarah (IE INRA). 

• Dominique This (MdC SUPAGRO), responsable pédagogique.