Formation "Analyse bioinformatique de séquences pour l'amélioration des plantes" - Février 2014

Contenu post-formation

Notes de formation, écrites par Emmanuel Reclus et Jérémy Guinard (étudiants SUPAGRO), et corrigée et amendée par l'équipe des formateurs de la formation de 2012.

Liste des outils, utilisés lors de la formation, avec les informations de format entrée/sortie, et de paramétrage.

Lundi 10 février:

  • 9h-12h : introduction, plateforme Southgreen, environnement Galaxy.

Félix Homa, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Introduction aux NGS et à la plateforme SouthGreen

Cours d'introduction à Galaxy

TD d'introduction à Galaxy

  • 13h30-16h30 : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

  • 16h30-17h : mise en perspective, workflows et traitement de données NGS.

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Mardi 11 février:

  • 9h-12h : traitement des données NGS, formatage, mapping et assemblage (suite).

Gautier Sarah, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

(Supports de la veille)

  • 13h30-16h : Recherche et analyse de polymorphismes, SNP.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Application Tablet sous Java WebStart

  • 16h30-17h : mise en perspective, polymorphisme et sélection.

Alexis Dereeper, François Sabot, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Mercredi 12 février:

Pour ceux qui désirent se mettre en jambes 2 cours d'e-learning sont disponibles (fonctionne uniquement sous PC, ou sur Apple en utilisant Google Chrome comme navigateur Internet):
  1. Genomique Annotation 
  2. Comparative Genomics 
  • 9h-12h : annotation des éléments transposables.

François Sabot, Stéphanie Bocs, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours et de TD

Application Artemis sous Java WebStart

Application Gepard Dotter sous Java WebStart

  • 13h30-16h : annotation de gènes.

Gaetan Droc, Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Stéphanie Bocs, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

  • 16h30-17h : mise en perspective, annotation.

Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Stéphanie Bocs, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Jeudi 13 février

  • 9h-12h : Prédiction de structures 3D de protéines

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Support de soutien au TD

Logiciel PyMoL

Sequence_TD5.txt

Sequence_TD5_EDIT.txt

1HLO.pdb

Tito_M062.pdb

  • 13h30-16h : Analyse phylogénétique, orthologie et paralogie.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support de cours

Support de TD

Installeur Seaview4 (visualisateur et éditeur d'alignements multiples)

Installeur Dendroscope (visualisateur et éditeur d'arbres)

  • 16h30-17h : mise en perspective, génomique et protéomique comparative.

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Dominique This.

Support pour la mise en perspective

Vendredi 14 février

  • 9h-16h30 : Mise en autonomie, sur un sujet pré-établi, ou sur des données amenées par les formés

La journée sera encadrée par un roulement de l'ensemble des formateurs de la semaine.

Support pour la mise en autonomie

  • 16h30-17h : Bilan final de la formation.

Jean-François Dufayard, Dominique This.

  • Franc-Christophe Baurens (chercheur CIRAD). 
Email: franc-christophe.baurens -at- cirad.fr
  • Stéphanie Bocs (chercheuse CIRAD).
Email: stephanie.sidibe-bocs -at- cirad.fr
  • Frédéric de Lamotte (DR INRA). 
Email: lamotte -at- supagro.inra.fr
  • Alexis Dereeper (IE IRD). 
Email: alexis.dereeper -at- ird.fr
  • Gaétan Droc (chercheur CIRAD). 
Email: gaetan.droc -at- cirad.fr
  • Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD), responsable pédagogique
Email: jean-francois.dufayard -at- cirad.fr
  • Olivier Garsmeur (chercheur CIRAD). 
Email: olivier.garsmeur -at- cirad.fr
  • Félix Homa (ingénieur CIRAD).
Email: felix.homa -at- cirad.fr
  • François Sabot (CR IRD). 
Email: francois.sabot -at- ird.fr
  • Gautier Sarah (IE INRA). 
Email: gautier.sarah -at- supagro.inra.fr
  • Dominique This (MdC SUPAGRO), responsable pédagogique
Email: dominique.this -at- supagro.inra.fr

 


Références bibliographiques sur l'analyses de données NGS et les génomes végétaux