Linux commands applied to sequence analyses using and SGE computing cluster

Mardi 27 mai:

• 9h30-12h30 : mettre en place les outils nécessaires pour se connecter au cluster de calcul, transférer et gérer des fichiers de données. Commande de bases en Bash.

Bertrand Pitollat (resp), Stéphanie Bocs, Jean-François Dufayard.

Cours Linux (ppt) (thanks to B. Granouillac and C. Tranchant)

Cours bash (ppt)

• 14h00-17h00 : formater, trier un fichier de séquences avec Perl et Awk en une ligne de commande et avec un script.

Stéphanie Bocs (resp), Bertrand Pitollat, Marilyne Summo.

Cours

Conventions de codage condensées

Conventions de codage complètes

Mercredi 28 mai:

• 9h30-12h30 : utiliser l’ordonnanceur de jobs Sun Grid Engine (commande qsub) et lancer un workflow NGS de mapping de reads Illumina contre un transcriptome de référence.

Gautier Sarah (resp), Bertrand Pitollat (resp), Gaétan Droc, Jean-François Dufayard.

Southgreen HPC system (ppt)

SGE user help (ppt)

TD workflows (anglais), partie encadrée par Gautier Sarah

• 14h00-17h00 : Annoter des séquence avec Blast et parser la sortie avec la libraire BioPerl.

Gaétan Droc (resp), Gautier Sarah, Stéphanie Bocs.

Cours (fichier PPSX, ouvrable par Office)

TD (fichier PDF)

• Stéphanie Bocs (chercheuse CIRAD), responsable pédagogique.

Email: stephanie.sidibe-bocs -at- cirad.fr

• Gaétan Droc (chercheur CIRAD). 

Email: gaetan.droc -at- cirad.fr

• Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD). 

Email: jean-francois.dufayard -at- cirad.fr

• Bertrand Pitollat (chercheur CIRAD). 

Email: bertrand.pitollat -at- cirad.fr

• Gautier Sarah (IE INRA). 

Email: gautier.sarah -at- supagro.inra.fr

• Marilyne Summo (chercheuse CIRAD). 

Email: marilyne.summo -at- cirad.fr