Formation "Analyse de séquences sous Galaxy", février 2015

Lundi 9 février:

• 9h-12h : Introduction, plateforme Southgreen, environnement Galaxy.

Dominique Alhinc, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Introduction aux NGS

Cours d'introduction à la plateforme South Green et à Galaxy

Introduction to Galaxy and South Green platform

• 13h30-16h30 : Traitement des données NGS, formatage, et mapping.

Alexis Dereeper, Gautier Sarah, François Sabot, Yann Hueber, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Support de cours (F. Sabot)

Support de TD

Mardi 10 février:

• 9h-12h : Analyse de SNPs, études d'associations.

Alexis Dereeper, Gautier Sarah, François Sabot, Yann Hueber, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Fichier BAM intermédiaire

Fichier BAI intermédiaire

Fichier référence

• 13h30-17h : Analyse de SNPs, études d'associations (suite).

Alexis Dereeper, Gautier Sarah, François Sabot, Yann Hueber, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Support de cours (A Dereeper)

English translation of courses

Support de TD

English translation of TD

Application Tablet sous Java WebStart

Mercredi 11 février:

• 9h-12h : Analyse de SNPs, études d'associations (fin)

Alexis Dereeper, Gautier Sarah, François Sabot, Yann Hueber, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Support de cours (Y Hueber)

English translation of courses

• 13h30-17h : annotation de gènes.

Franc-Christophe Baurens, Olivier Garsmeur, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Support de cours

Support de TD

English translation of TD

Annotation workflow

Artemis avec Java Webstart

Jeudi 12 février

• 9h-12h : Prédiction de structures 3D de protéines

Frédéric de Lamotte, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

Support de cours

English translation of courses

Support de TD

English translation of the TD

Support de soutien au TD

Logiciel PyMoL

Sequence_TD5.txt

Sequence_TD5_EDIT.txt

Modélisation CBS

1HLO.pdb

Tito_M062.pdb

• 13h30-17h : Analyse phylogénétique, orthologie et paralogie.

Jean-François Dufayard, Frédéric de Lamotte, Vincent Ranwez.

Support de cours

English translation of courses

Support de TD

English translation of TD

Installeur Seaview4 (visualisateur et éditeur d'alignements multiples)

Installeur Dendroscope (visualisateur et éditeur d'arbres)

Vendredi 13 février

Organisation doodle

• 9h-16h30 : Mise en autonomie, sur un sujet pré-établi, ou sur des données amenées par les formés.

La journée sera encadrée par un roulement de l'ensemble des formateurs de la semaine.

Support pour la mise en autonomie

English translation

Modèle Wax9E

Modèle Wax9D

Modèle Dim9D_pdb11.pdb

MAC088k20.fasta (pour l'annotation)

• 16h30-17h : Bilan final de la formation.

Dominique Alhinc, Jean-François Dufayard, Vincent Ranwez.

• Franc-Christophe Baurens (chercheur CIRAD). 

• Frédéric de Lamotte (DR INRA). 

• Alexis Dereeper (IE IRD). 

• Jean-François Dufayard (chercheur CIRAD), responsable pédagogique. 

• Olivier Garsmeur (chercheur CIRAD). 

• Yann Hueber (agent Bioversity International). 

• Vincent Ranwez (PR SupAgro), responsable pédagogique.

• François Sabot (CR IRD). 

• Gautier Sarah (IE INRA). 

Avec l'aide précieuse de Dominique Alhinc et Yolande Olivier.