Formation R de septembre 2015

Lundi 07 Septembre:

Concepts de base de R

Cours, TP, données

Bref rappel sur R : distributions, installation, les « packages ».

Prise en main: accéder à l'aide, trouver une fonction, éditeurs

Introduction à Sweave et knitr.

Gestion des scripts

La structure des données sous R : vecteurs, facteurs, matrices, tableaux, listes.

Manipulation des données (I) : « Indexing » et « subsetting ».

Opérateurs : mathématiques, logiques, de comparaison.

Mardi 08 Septembre:

Manipulation de données (II)

Cours, TP, données

Manipulation des données (II) : « data frame reshaping », résumé, transformations, séquences aléatoires

et régulières, tableaux de fréquences.

Lecture et écriture de fichiers ; le répertoire de travail.

Écrire et utiliser des fonctions en R.

Introduction à la programmation orientée objet en R : classes S3, fonctions génériques.

Appels système

Manipulation des vecteurs de caractères.
 

Mercredi 09 Septembre:

Les graphiques

Cours, TP, données

Les fonctions graphiques primaires (low level) et secondaires (high level), les paramètres graphiques

(fonction par).

Les packages lattice et ggplot2.

Une vue d’ensemble sur les fonctions graphiques spécifiques (phylogénies, réseaux, …)

Jeudi 10 Septembre:

R et Statistiques

Le modèle linéaire : régression simple, régression multiple, ANOVA, ANCOVA, tests statistiques, les

« formules », prédicteurs continus ou discrets, les interactions.

Les modèles linéaires généralisés (GLM) : distributions, maximum de vraisemblance, tests statistiques

Vendredi 11 Septembre:

Mise en autonomie

Travail des participants sur leurs données supervisé par les instructeurs : difficultés rencontrées, mise en commun d’expériences,...

Intervenants:

• Sebastien Cunnac (IRD).

• Emmanuel Paradis (IRD). 

• Cédric Farcy (CIRAD). 

• Pierre Larmande (IRD). 

• David Couvin (CIRAD).