formation-ceraas-mai-2016

Données de séquençage haut débit : traitements, statistiques et analyses génomiques des populations

Introduction

Plaquette de diffusion

Programme du jeudi 26 mai au vendredi 3 juin 2016 au Ceraas (Thiès, Sénégal).

Partie Bioinformatique de la formation (26-28/05)

Introduction

Projet Sorgho BCNam

Logiciel Tassel 5 GBS v2

Familiarisation avec le logiciel Tassel sous un ordinateur personnel

Prérequis des outils windows nécessaires

Editeur de texte avancé par exemple Notepad++ 32-bit

Logiciel Tassel (choisir entre 32 ou 64 bits)

Prérequis des outils mac nécessaires

Editeur de texte avancé par exemple TextWrangler-BBEdit

Logiciel Tassel

Fichiers de test

SbBCNAM_GBS5.2.24_v3.0_chr3.sam

key_file_sorghoBCNAMpop.txt

Familiarisation avec le logiciel Tassel en ligne de commande

Sur le serveur de calcul du Ceraas (outils installés par B. Pitollat et C. Drame)