APIMET-SEPMET 2010, Module optionnel bioinformatique appliquee, analyse de sequences du 21 au 25 fevrier 2011

Ce module doit permettre de se familiariser avec quelques concepts et outils de bioinformatique appliquée au traitement des informations de séquençage massif, dans un objectif d’amélioration des plantes.

Au travers du traitement d’un exemple concret,  nous verrons comment transformer des données brutes de séquençage comparatif en des informations de qualité contrôlée. Nous  les utiliserons pour annoter manuellement la région du génome concernée et identifier des polymorphismes  de séquence. Des polymorphismes de type SNP seront ensuite transformés en données de bases pour la mise en œuvre d’un génotypage à haut débit.

Nous réfléchirons sur les utilisations possibles et les limites de cette démarche. Les concepts bioinformatiques qui sous-tendent les différentes étapes de cette étude seront présentés rapidement.

L’évaluation de ce module se fera sur la base du compte-rendu des travaux pratiques réalisés.

Ces enseignements  sont proposés en formation de proximité pour les agents de l’UMR AGAP et la communauté ARCAD (dans la limite des places disponibles – maximum 30)

Emploi du temps Semaine du 21 au 25 février 2011 (Montpellier SupAgro)

•  Lundi 21 8h-9h, salle informatique Grand Louvre (8/102-103): Introduction, problématique scientifique ARCAD (Agropolis Resource Center for Crop Conservation, Adaptation and Diversity) et présentation des outils d’analyse de séquences biologiques. Manuel Ruiz

• 9h-13h : TD1 Traitement d’un fichier brut (données Solexa-Illumina) de séquences transcrites (séquençage comparatif de données issues du projet ARCAD sp1 / riz – Utilisation de la plateforme Galaxy) Gautier Sarah, François Sabot
• 14h30-17h30 : TD2 Analyse comparative de séquences transcrites assemblées, recherche de polymorphismes, caractérisation du polymorphisme observé, transformation des données de polymorphisme en marqueurs utilisables selon la technologie des biopuces Illumina (SNiPlay) Alexis Dereeper
• Mardi 22 9h-12h : TD3 Annotation automatique d’une séquence génomique (Implémentation sous Galaxy) Stéphanie Sidibé-Bocs, Juliette Lengellé
• 14h-17h: TD4 : Annotation manuelle de gènes et éléments transposables (GnpAnnot) Stéphanie Sidibé-Bocs, Juliette Lengellé, François Sabot, Olivier Garsmeur. Etudiants APIMET-SEPMET et doctorants uniquement !
• Mercredi 23 9h-13h : TD5 : Prédiction de structures protéiques 3D Cécile Fleury, Frédéric de Lamotte
• 14h30-17h30 : TD6 : Analyse phylogénétique: alignements, nettoyage d’alignements, reconstruction phylogénétique, comparaison d’arbres, recherche d’homologues (via la plateforme Galaxy). Jean-François Dufayard
• Jeudi 24 9h–12h : Salle 9/108 : Séminaire: « Bioinformatique et NGS » Eric Rivals
• Vendredi 25 : Finalisation des travaux dirigés et du rapport de TD. Rendu écrit le 25 à 16h.
• 16h-17h : Bilan du module. Etudiants APIMET-SEPMET uniquement !